Айжан Есмагамбетова родилась в 1972 году в Алматинской области. В 1997 году окончила Алматинский государственный медицинский университет, Казахстанский медицинский университет (Высшая школа общественного здравоохранения), Алматы менеджмент университет.
Трудовую деятельность начала в 1990 году фельдшером-лаборантом поликлиники № 7 Алматы.
В 1997-2004 годах работала врачом-эпидемиологом, врачом-бактериологом, заведующей лабораторией отдела особо опасных инфекций Республиканской санитарно-эпидемиологической станции.
В 2004-2014 годах занимала различные должности в структуре Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора Минздрава. В 2013 году назначена председателем Комитета государственного санитарно-эпидемиологического надзора МЗ.
В 2014 году – директор департамента эпидемиологического надзора – заместитель главного государственного санитарного врача Агентства по защите прав потребителей.
В 2014-2017 годах – руководитель управления эпидемиологического надзора Комитета по защите прав потребителей МНЭ.
В 2017 году – директор департамента стратегического развития и общественного здравоохранения Минздрава.
В 2017-2020 годах – директор департамента политики общественного здравоохранения.
В 2020 году – заместитель председателя Комитета контроля качества и безопасности товаров и услуг.
С октября 2020 года и по настоящее время работала председателем Комитета санитарно-эпидемиологического контроля МЗ.
